南通开发区东西沟通，南北兼顾，内外交接，具有十分优越的交通物流条件。地处我国黄金海岸线中部、长江入海口北岸，面向太平洋，背靠整个长江流域。从长江口出海可通达中国沿海和世界各港，溯江而上可通往苏、皖、赣、鄂、湘、川六省及云、贵、陕、豫等地，地理位置占尽“黄金海岸”和“黄金水道”之利。开发区南联沪宁苏嘉杭和沿江高速公路，苏通长江大桥把开发区与国际大都市上海直接联通，车程仅60分钟。与全国铁路运输大动脉陇海线和京沪线相联接的新长铁路、宁启铁路均可直达开发区。

公路：南通开发区经宁（南京）通（南通）高速公路去南京约2.5小时，经苏通长江大桥至上海虹桥机场一小时车程，经崇启大桥至上海浦东大桥一个半小时车程。是沟通长江南北的重要交通枢纽。

铁路：新（新沂）长（长兴）铁路，宁（南京）启（启东）铁路。沪通高铁正在建设中，其中过江铁路桥已于日前动工。

航空：南通开发区距上海虹桥机场100公里，距浦东国际机场150公里，距南京禄口机场240公里，距南通机场15公里。南通机场已开通至北京、广州、深圳、青岛等航线，开辟了“南通-北京-世界各地”的货物空运快速通道，并免收南通到北京的货物空运费用。苏通长江大桥位于开发区内，东距长江入海口约100公里。大桥北连宁通和盐通高速公路，南接沪宁、苏嘉杭和江苏省沿江高速公路，是国家沿海公路交通大通道同（江）三（亚）线重要的“咽喉”。

港口：南通滨江临海，三面环水，拥有430公里江海岸线。南通港是中国十大港口之一、长江沿线第二大港口，是上海国际航运中心的组合港，也是长江下游开放型、多功能、综合性江海大港。长江口疏浚一期工程已完成，水深达-10米，5～7万吨级货轮往来自如；其二期疏浚工程完成后，10万吨级货轮可直达南通。拥有各类泊位45座，其中万吨级泊位28座，主要从事国际集装箱、矿石、饲料、木材、煤炭、钢铁、化肥、石油、散糖、粮食、建材、石化产品运输。南通港已经与美国、俄罗斯、加拿大、澳大利亚、日本、新加坡等65个国家和地区的199个港口通航，并开通南通至香港、日本、韩国3条国际集装箱航线。2004年港口吞吐量7218.2万吨，国际集装箱运输量28.7万标箱。南通开发区拥有27.3公里长江岸线资源，江域宽广，已建成万吨级码头7座，千吨级码头3座，并建有容积达73万立方米的各类液体化工原料储罐区，集装箱、大宗物资、化工产品、石油、液化气仓储运输便捷。

河运：南通开发区内河运输十分发达。向北可到达苏北及安徽淮南各市县；向南可到无锡、苏州、嘉兴、杭州、南昌、岳阳、长沙等地；沿江而上可到达芜湖、安庆、九江、武汉、宜昌、重庆等地。